Hiểu về xét nghiệm gen – Đột biến đồng thời nhiều gen có ý nghĩa gì?

Bs K _ tháng 8 31, 2026

Hiểu về xét nghiệm gen – Đột biến đồng thời nhiều gen có ý nghĩa gì?

Khi nhận kết quả xét nghiệm gen, đặc biệt là xét nghiệm NGS, bác có thể thấy báo cáo không chỉ ghi một đột biến mà có thể phát hiện nhiều đột biến ở nhiều gene khác nhau. Chẳng hạn, một kết quả có thể đồng thời ghi nhận EGFR, TP53, RB1 hoặc PIK3CA. Điều này đôi khi khiến người bệnh lo lắng và nghĩ rằng “càng nhiều đột biến thì ung thư càng nặng”.

Thực tế, không thể đánh giá mức độ nghiêm trọng của ung thư chỉ bằng số lượng gene có đột biến. Một khối u có thể chứa nhiều alteration nhưng mỗi alteration lại có vai trò hoàn toàn khác nhau. Có đột biến là yếu tố thúc đẩy ung thư, có đột biến chỉ phản ánh quá trình tiến hóa của tế bào ung thư, có đột biến liên quan đến kháng thuốc và cũng có những biến thể chưa biết rõ ý nghĩa lâm sàng.

Vì vậy, khi thấy nhiều đột biến trong cùng một báo cáo, điều quan trọng nhất không phải là “có bao nhiêu đột biến” mà là đột biến nào, ở gene nào, có ý nghĩa gì và chúng có liên quan với nhau như thế nào.

1. Một khối u có thể có nhiều đột biến không?

Có. Đây là tình trạng rất thường gặp.

Ung thư không phải là một bệnh chỉ do một thay đổi duy nhất trong DNA gây ra. Trong quá trình hình thành và phát triển, tế bào ung thư có thể tích lũy nhiều thay đổi về vật chất di truyền.

Một báo cáo NGS có thể phát hiện đồng thời:

EGFR L858R

TP53 mutation

PIK3CA mutation

hoặc những alteration khác.

Điều này không có nghĩa mỗi đột biến tương ứng với một “loại ung thư” riêng biệt.

Các alteration có thể xuất hiện trong cùng một quần thể tế bào hoặc ở những quần thể tế bào khác nhau trong khối u.

2. Vì sao tế bào ung thư lại có nhiều đột biến?

Tế bào ung thư trải qua quá trình tiến hóa kéo dài.

Một tế bào ban đầu có thể xuất hiện một alteration giúp nó tăng khả năng sống sót hoặc tăng sinh. Khi tế bào này tiếp tục phân chia, những thay đổi DNA mới có thể xuất hiện.

Một số tế bào con lại tiếp tục tích lũy thêm alteration.

Theo thời gian, khối u có thể trở thành một quần thể gồm nhiều nhóm tế bào có đặc điểm phân tử khác nhau.

Có thể hình dung đơn giản:

Tế bào ban đầu → mutation 1 → clone A → mutation 2 → subclone B → mutation 3 → subclone C.

Đây là một trong những cơ sở tạo nên tính không đồng nhất của khối u, hay tumor heterogeneity.

3. Có phải tất cả các đột biến đều quan trọng như nhau?

Không.

Đây là điều quan trọng nhất cần hiểu khi đọc kết quả NGS.

Các alteration có thể được chia thành nhiều nhóm.

Một số là driver alteration, tức những thay đổi góp phần thúc đẩy sự hình thành hoặc phát triển của ung thư.

Một số là passenger alteration, tức những thay đổi xuất hiện trong quá trình tiến hóa của tế bào ung thư nhưng không phải động lực chính thúc đẩy khối u.

Một số alteration có thể liên quan đến kháng thuốc.

Một số khác có thể là biến thể chưa rõ ý nghĩa, thường được báo cáo dưới dạng VUS.

Vì vậy, một báo cáo có 10 alteration không có nghĩa bệnh nhân có “10 đột biến gây ung thư”.

4. Driver mutation là gì?

Driver mutation là đột biến có vai trò thúc đẩy quá trình phát triển hoặc duy trì tế bào ung thư.

Ví dụ trong một số trường hợp ung thư phổi không tế bào nhỏ, các alteration như:

EGFR

ALK

ROS1

BRAF V600E

MET exon 14 skipping

RET fusion

NTRK fusion

có thể đóng vai trò driver và có thể liên quan trực tiếp đến lựa chọn điều trị đích.

Khi phát hiện một driver alteration có thuốc tương ứng, thông tin này thường có giá trị điều trị cao hơn nhiều so với việc chỉ biết tổng số mutation trong mẫu.

5. Passenger mutation là gì?

Passenger mutation là một biến thể xuất hiện trong quá trình tế bào ung thư tích lũy các thay đổi DNA nhưng không phải là động lực chính thúc đẩy ung thư.

Một khối u có thể chứa rất nhiều passenger mutation.

Do đó, việc phát hiện nhiều mutation không đồng nghĩa khối u có nhiều “đích điều trị”.

Đây cũng là lý do tại sao bác không nên nhìn danh sách mutation trong báo cáo NGS rồi tự kết luận rằng mutation nào cũng cần điều trị.

6. Ví dụ: EGFR và TP53 cùng xuất hiện có ý nghĩa gì?

Đây là tình huống có thể gặp trong ung thư phổi.

Ví dụ báo cáo ghi:

EGFR L858R – VAF 28%

TP53 mutation – VAF 35%

Điều này không có nghĩa bệnh nhân có hai loại ung thư.

Trong bối cảnh phù hợp, EGFR L858R có thể là driver alteration có ý nghĩa điều trị, trong khi TP53 có thể là một alteration đồng thời phản ánh những đặc điểm sinh học khác của khối u.

Hai alteration này có thể cùng tồn tại trong một quần thể tế bào ung thư.

Tuy nhiên, không thể chỉ dựa vào kết quả NGS để kết luận chính xác rằng tất cả tế bào mang cả hai alteration hay chúng nằm ở những clone khác nhau.

Muốn hiểu sâu hơn cần xem VAF, tumor purity, copy number và các dữ liệu phân tử khác.

7. TP53 có phải lúc nào cũng là đột biến “xấu” không?

TP53 là một gene ức chế u rất quan trọng và mutation TP53 khá phổ biến ở nhiều loại ung thư.

Tuy nhiên, việc phát hiện TP53 mutation không có nghĩa bệnh nhân chắc chắn có tiên lượng xấu hoặc không thể điều trị.

Ý nghĩa tiên lượng của TP53 phụ thuộc vào loại ung thư, loại mutation, bối cảnh phân tử và các yếu tố khác.

Đặc biệt, nếu TP53 xuất hiện cùng một driver alteration có thuốc đích, không nên vì thấy TP53 mà bỏ qua driver alteration.

Trong thực hành, bác sĩ sẽ đánh giá toàn bộ hồ sơ thay vì chỉ nhìn một mutation riêng lẻ.

8. Có thể có hai driver mutation cùng lúc không?

Có thể, nhưng cần đánh giá cẩn thận.

Một khối u có thể chứa nhiều alteration có khả năng thúc đẩy ung thư.

Tuy nhiên, việc hai alteration cùng được phát hiện không có nghĩa cả hai đều là driver chính hoặc cả hai đều có thuốc điều trị.

Có thể xảy ra các tình huống:

Hai alteration cùng tồn tại trong một clone.

Một alteration nằm trong clone chính, alteration kia nằm trong subclone.

Một alteration là driver, alteration còn lại là passenger.

Một alteration liên quan đến kháng thuốc xuất hiện sau quá trình điều trị.

Vì vậy, cần xem xét mối quan hệ sinh học giữa các alteration thay vì chỉ đếm số lượng.

9. Có trường hợp hai driver alteration loại trừ lẫn nhau không?

Có.

Trong ung thư học phân tử, một số driver alteration có xu hướng mutually exclusive, tức thường không xuất hiện đồng thời trong cùng một khối u.

Ví dụ, trong ung thư phổi, EGFR driver mutation và một số driver alteration khác có thể ít khi đồng thời xuất hiện.

Nếu xét nghiệm phát hiện hai alteration tưởng như có tính loại trừ lẫn nhau, bác sĩ có thể cần xem xét:

Độ tin cậy của xét nghiệm.

Loại mẫu.

VAF.

Tumor purity.

Khả năng khối u không đồng nhất.

Khả năng có hai clone khác nhau.

Khả năng một kết quả là false positive hoặc có ý nghĩa sinh học khác.

Do đó, không nên tự động kết luận rằng một trong hai kết quả chắc chắn sai.

10. Nhiều đột biến có thể nằm trong những clone khác nhau không?

Có.

Đây là một trong những khái niệm quan trọng để hiểu kết quả NGS.

Một khối u có thể gồm nhiều clone.

Ví dụ:

Clone A: EGFR mutation.

Clone B: EGFR mutation + TP53 mutation.

Clone C: EGFR mutation + TP53 mutation + một alteration khác.

Nếu xét nghiệm DNA từ toàn bộ khối u, kết quả có thể phát hiện cả ba alteration.

Nhưng không có nghĩa tất cả tế bào đều mang tất cả các mutation.

Đây chính là lý do tại sao VAF có thể cung cấp một số manh mối về cấu trúc clone của khối u.

11. VAF khác nhau giữa các đột biến có ý nghĩa gì?

Ví dụ một báo cáo ghi:

Gene	Alteration	VAF
EGFR	L858R	42%
TP53	mutation	38%
PIK3CA	mutation	8%

Có thể nghĩ đến nhiều khả năng.

EGFR và TP53 có thể xuất hiện trong clone lớn.

PIK3CA có thể chỉ xuất hiện trong một subclone nhỏ.

Tuy nhiên, đây chỉ là một giả thuyết.

VAF còn chịu ảnh hưởng của:

Tumor purity.

Copy number.

Mất allele.

Khuếch đại gene.

Các yếu tố kỹ thuật.

Do đó, không thể chỉ nhìn VAF để dựng chính xác cây tiến hóa của khối u.

12. Đột biến đồng thời nhiều gene có phải bệnh nặng hơn không?

Không thể kết luận như vậy.

Một bệnh nhân có một driver mutation duy nhất vẫn có thể mắc ung thư giai đoạn IV.

Một bệnh nhân khác có nhiều mutation nhưng vẫn có thể đáp ứng tốt với điều trị.

Mức độ nặng của ung thư được đánh giá dựa trên nhiều yếu tố như:

Giai đoạn TNM.

Mức độ lan tràn của bệnh.

Đặc điểm mô bệnh học.

Tình trạng toàn thân.

Đặc điểm phân tử.

Đáp ứng với điều trị.

Vì vậy, số lượng mutation không phải là thước đo trực tiếp mức độ nặng của ung thư.

13. Nhiều đột biến có đồng nghĩa tiên lượng xấu không?

Không nhất thiết.

Một số alteration có thể có giá trị tiên lượng trong một số loại ung thư, nhưng cần xem xét từng alteration cụ thể.

Ví dụ, một số bất thường gene có thể liên quan đến tiên lượng hoặc nguy cơ kháng thuốc trong một bệnh cảnh nhất định.

Nhưng không thể sử dụng quy tắc:

“Càng nhiều mutation = tiên lượng càng xấu.”

Đây là cách hiểu quá đơn giản về sinh học ung thư.

14. Tại sao NGS có thể phát hiện rất nhiều mutation?

Một trong những ưu điểm lớn của NGS là khả năng khảo sát đồng thời nhiều gene.

Một panel NGS có thể phân tích:

Hàng chục gene.

Hàng trăm gene.

hoặc trong một số xét nghiệm rộng hơn là hàng nghìn gene.

Do đó, NGS có thể phát hiện nhiều alteration trong cùng một mẫu.

Điều này rất hữu ích vì bác sĩ không chỉ tìm một mutation đã biết trước mà có thể đồng thời khảo sát nhiều khả năng điều trị và nhiều cơ chế sinh học khác nhau.

Tuy nhiên, càng xét nghiệm rộng thì càng có khả năng phát hiện những alteration chưa rõ ý nghĩa.

Vì vậy, phát hiện nhiều mutation không đồng nghĩa tất cả đều có giá trị lâm sàng.

15. Có phải mutation nào phát hiện được cũng cần tìm thuốc?

Không.

Đây là một nguyên tắc rất quan trọng.

Sau khi phát hiện mutation, cần xác định nó thuộc nhóm nào.

Nếu là:

Pathogenic hoặc oncogenic alteration có ý nghĩa điều trị

thì có thể có thuốc hoặc chiến lược điều trị tương ứng.

Nếu là:

VUS

thì thường chưa đủ bằng chứng để dùng làm cơ sở lựa chọn điều trị.

Nếu là:

Passenger alteration

thì có thể không có vai trò điều trị trực tiếp.

Do đó, bác không nên nhìn danh sách mutation rồi tìm thuốc cho từng gene.

16. Đột biến đồng thời nhiều gene có thể ảnh hưởng đến lựa chọn thuốc không?

Có.

Một alteration có thể ảnh hưởng đến lựa chọn thuốc theo hai cách.

Thứ nhất, một alteration có thể tạo ra mục tiêu điều trị.

Thứ hai, một alteration khác có thể ảnh hưởng đến khả năng đáp ứng hoặc kháng thuốc.

Ví dụ, trong một số bệnh cảnh, việc phát hiện một driver mutation có thể định hướng thuốc điều trị ban đầu, trong khi những alteration khác cung cấp thông tin về sinh học của khối u hoặc nguy cơ kháng thuốc.

Tuy nhiên, việc này phụ thuộc rất nhiều vào từng loại ung thư và từng alteration cụ thể.

17. Đột biến đồng thời có thể là nguyên nhân khiến thuốc đích kém hiệu quả không?

Có thể trong một số trường hợp, nhưng không thể kết luận chỉ dựa vào việc có nhiều mutation.

Kháng thuốc có thể xuất hiện do:

Alteration thứ phát trong gene đích.

Hoạt hóa một con đường tín hiệu thay thế.

Khuếch đại một gene khác.

Biến đổi kiểu hình của tế bào ung thư.

Thay đổi cấu trúc clone của khối u.

Vì vậy, một alteration mới xuất hiện sau điều trị có thể rất quan trọng nếu nó phù hợp với cơ chế kháng thuốc đã biết.

Nhưng một mutation đồng thời được phát hiện ngay từ lần xét nghiệm đầu tiên không tự động có nghĩa nó sẽ gây kháng thuốc.

18. Tại sao mutation có thể xuất hiện sau khi điều trị?

Điều này thường liên quan đến tiến hóa của khối u.

Trước điều trị, khối u có thể gồm nhiều clone.

Một số clone rất nhạy với thuốc.

Một số clone khác có thể ít nhạy hoặc đã có sẵn đặc điểm giúp chúng sống sót.

Khi điều trị, clone nhạy thuốc giảm mạnh.

Clone kháng thuốc còn lại có thể tăng tỷ lệ tương đối.

Khi xét nghiệm lại, bác sĩ có thể phát hiện một alteration mà trước đó không phát hiện được.

Điều này không nhất thiết có nghĩa mutation hoàn toàn mới xuất hiện sau điều trị. Nó có thể đã tồn tại ở mức rất thấp từ trước nhưng sau đó trở nên chiếm ưu thế.

19. Đột biến đồng thời nhiều gene có thể giúp hiểu sự tiến hóa của ung thư không?

Có.

Đây là một trong những giá trị quan trọng của xét nghiệm phân tử.

Có thể hình dung khối u như một “cây tiến hóa”.

Một alteration xuất hiện sớm có thể được chia sẻ bởi nhiều clone.

Những alteration xuất hiện muộn hơn chỉ có ở một số nhánh.

Ví dụ:

Mutation A

↓

Clone A

↓

Mutation B

↓

Subclone B

↓

Mutation C

↓

Subclone C

Nếu có đủ dữ liệu, các nhà nghiên cứu có thể sử dụng thông tin này để tìm hiểu cách khối u phát triển và thay đổi theo thời gian.

Trong thực hành thường quy, NGS đơn thuần không phải lúc nào cũng cho phép dựng chính xác cây tiến hóa này.

20. Có phải mutation đồng thời nghĩa là hai tế bào ung thư khác nhau?

Không.

Một tế bào ung thư có thể mang nhiều mutation.

Ví dụ, cùng một tế bào có thể đồng thời mang:

EGFR L858R

và:

TP53 mutation.

Do đó, “nhiều mutation” không đồng nghĩa “nhiều tế bào ung thư”.

Ngược lại, một khối u cũng có thể chứa nhiều clone khác nhau.

Đây là lý do cần phân biệt:

Số lượng mutation

với:

số lượng clone

và:

số lượng tế bào mang từng mutation.

Ba khái niệm này không giống nhau.

21. Có trường hợp một gene có nhiều đột biến cùng lúc không?

Có.

Một gene có thể chứa nhiều alteration.

Ví dụ, một báo cáo có thể phát hiện nhiều biến thể khác nhau trong cùng một gene.

Nhưng cần xem xét chúng có nằm trên:

Cùng một allele

hay:

Hai allele khác nhau.

Trong một số trường hợp, hai mutation có thể cùng nằm trên một bản sao gene và tạo thành một allele kép.

Trong trường hợp khác, mỗi mutation có thể nằm trên một allele khác nhau.

Thông tin này đôi khi có ý nghĩa trong việc đánh giá chức năng của gene và ý nghĩa lâm sàng của alteration.

22. Đột biến đồng thời có thể làm thay đổi ý nghĩa của nhau không?

Có thể.

Một alteration đôi khi không nên được diễn giải hoàn toàn độc lập.

Ví dụ, một mutation có thể:

Làm thay đổi tác động của mutation khác.

Gợi ý một con đường sinh học đang được hoạt hóa.

Gợi ý một cơ chế kháng thuốc.

Giúp xác định một kiểu phân tử đặc biệt của khối u.

Tuy nhiên, việc xác định mối quan hệ này cần dựa trên bằng chứng sinh học và lâm sàng.

Không nên tự suy luận rằng hai mutation “kết hợp với nhau” chỉ vì chúng xuất hiện trên cùng một báo cáo.

23. Nếu NGS phát hiện EGFR và KRAS cùng lúc thì sao?

Đây là một tình huống cần đọc rất thận trọng.

EGFR và KRAS đều là những gene quan trọng trong sinh học ung thư phổi, nhưng một số driver alteration của hai gene này thường có xu hướng không đồng thời xuất hiện trong cùng một clone.

Nếu báo cáo phát hiện cả hai, bác sĩ có thể cần xem xét:

Loại alteration cụ thể của EGFR.

Loại alteration cụ thể của KRAS.

VAF của từng alteration.

Tumor purity.

Copy number.

Khả năng tồn tại nhiều clone.

Khả năng một alteration không phải driver.

Khả năng kết quả cần được xác nhận thêm.

Do đó, không thể chỉ nhìn thấy “EGFR + KRAS” rồi kết luận ngay rằng bệnh nhân có hai driver mutation tương đương nhau.

24. Nếu NGS phát hiện nhiều mutation nhưng chỉ một mutation có thuốc đích thì sao?

Đây là tình huống hoàn toàn có thể xảy ra.

Ví dụ:

EGFR L858R

TP53 mutation

PIK3CA mutation

Trong đó chỉ EGFR L858R là alteration có thuốc đích được chứng minh phù hợp trong bối cảnh bệnh cụ thể.

Khi đó, bác sĩ không cần tìm một thuốc riêng cho từng mutation.

Điều quan trọng là xác định driver alteration có ý nghĩa điều trị và lựa chọn phương pháp điều trị dựa trên toàn bộ bệnh cảnh.

Các mutation khác vẫn có thể cung cấp thông tin về sinh học và tiên lượng của khối u nhưng không nhất thiết tạo ra một mục tiêu điều trị riêng.

25. Nếu nhiều mutation đều không có thuốc thì có phải hết thuốc điều trị?

Không.

Đây là điều người bệnh rất dễ hiểu nhầm.

Không tìm thấy thuốc đích cho các mutation được phát hiện không có nghĩa bệnh nhân không còn lựa chọn điều trị.

Điều trị ung thư còn có thể bao gồm:

Phẫu thuật.

Xạ trị.

Hóa trị.

Miễn dịch trị liệu.

Thuốc điều trị đích nếu có alteration phù hợp.

Điều trị phối hợp.

Việc lựa chọn phụ thuộc vào loại ung thư, giai đoạn bệnh, tình trạng toàn thân, mô bệnh học, PD-L1 và nhiều yếu tố khác.

26. Mutation đồng thời nhiều gene có liên quan đến TMB không?

Có thể liên quan, nhưng không đồng nghĩa với nhau.

TMB, hay Tumor Mutational Burden, phản ánh tổng số mutation soma trên một lượng DNA nhất định được phân tích.

Một bệnh nhân có nhiều mutation trong một panel NGS có thể có TMB cao hơn.

Tuy nhiên, đếm số mutation được liệt kê trong báo cáo không phải là cách xác định TMB.

TMB cần được tính theo một phương pháp đã được chuẩn hóa, thường biểu diễn dưới dạng số mutation trên mỗi megabase.

Vì vậy:

Nhiều mutation được liệt kê ≠ chắc chắn TMB cao.

27. Mutation đồng thời nhiều gene có liên quan đến MSI không?

Có thể có mối liên hệ về mặt sinh học.

Một số khối u có bất thường hệ thống sửa chữa DNA có thể tích lũy rất nhiều mutation.

Trong các khối u MSI-H, số lượng mutation có thể cao và TMB cũng có thể tăng.

Tuy nhiên, không thể kết luận MSI-H chỉ vì báo cáo NGS phát hiện nhiều mutation.

MSI cần được đánh giá bằng xét nghiệm phù hợp, chẳng hạn xét nghiệm MSI hoặc đánh giá hệ thống MMR bằng hóa mô miễn dịch.

28. Đột biến đồng thời nhiều gene có thể liên quan đến di truyền gia đình không?

Không nhất thiết.

Phần lớn mutation được phát hiện trong mô u là somatic mutation, tức phát sinh trong quá trình hình thành và phát triển của khối u.

Chúng không nhất thiết tồn tại trong tất cả tế bào của cơ thể và không nhất thiết được truyền cho con cái.

Ngược lại, một germline pathogenic variant tồn tại trong tế bào bình thường của cơ thể và có thể liên quan đến hội chứng ung thư di truyền.

Do đó, việc phát hiện nhiều mutation trên mẫu u không có nghĩa bệnh nhân có nhiều đột biến di truyền.

Nếu có một biến thể nghi ngờ là germline, cần xét nghiệm trên mẫu tế bào bình thường để xác định.

29. Có nên lo lắng khi báo cáo NGS có rất nhiều mutation?

Không nên chỉ dựa vào số lượng mutation để lo lắng.

Điều cần quan tâm là phần Interpretation, Clinical significance hoặc Therapeutic relevance của báo cáo.

Bác nên tìm hiểu:

Mutation nào là pathogenic hoặc oncogenic?

Mutation nào là driver?

Mutation nào có thuốc điều trị?

Mutation nào liên quan đến kháng thuốc?

Mutation nào chỉ là VUS?

Có alteration nào cần xác nhận bằng xét nghiệm khác không?

Đây mới là những thông tin có giá trị thực tế.

30. Khi đọc kết quả nhiều đột biến, nên hỏi bác sĩ những gì?

Bác có thể hỏi bác sĩ điều trị những câu rất cụ thể:

“Trong các đột biến này, đột biến nào là quan trọng nhất?”

“Đột biến nào là driver?”

“Có đột biến nào có thuốc điều trị đích không?”

“Các đột biến còn lại có ảnh hưởng đến lựa chọn điều trị không?”

“Có đột biến nào gợi ý kháng thuốc không?”

“Có cần xác nhận thêm bằng xét nghiệm khác không?”

“Có cần xét nghiệm germline để xem có đột biến di truyền hay không?”

Những câu hỏi này hữu ích hơn rất nhiều so với việc chỉ hỏi:

“Tôi có bao nhiêu đột biến?”

31. Một ví dụ đơn giản để hiểu kết quả

Giả sử bệnh nhân ung thư phổi có kết quả:

Gene	Alteration	VAF	Ý nghĩa có thể có
EGFR	L858R	32%	Driver, có thể có ý nghĩa điều trị
TP53	mutation	28%	Alteration đồng thời, cần đánh giá bối cảnh
PIK3CA	mutation	7%	Có thể là alteration phụ hoặc subclone
Gene X	VUS	12%	Chưa xác định được ý nghĩa lâm sàng

Không nên đọc bảng này thành:

“Bệnh nhân có 4 đột biến và bệnh rất nặng.”

Cách đọc phù hợp hơn là:

EGFR L858R có thể là alteration quan trọng nhất về mặt điều trị.

TP53 có thể cung cấp thêm thông tin về sinh học của khối u nhưng không tự động tạo ra một mục tiêu điều trị.

PIK3CA cần được đánh giá trong bối cảnh cụ thể và không thể chỉ dựa vào VAF 7% để kết luận nó nằm ở một subclone.

VUS hiện chưa đủ bằng chứng để dùng như một căn cứ điều trị.

Như vậy, một báo cáo có nhiều alteration nhưng chỉ một alteration có thể thực sự đóng vai trò quyết định trong lựa chọn điều trị.

32. Đột biến đồng thời nhiều gene có ý nghĩa gì trong theo dõi bệnh?

Khi theo dõi bệnh theo thời gian, sự thay đổi của từng alteration có thể cung cấp thông tin về sự thay đổi của quần thể clone.

Ví dụ, trước điều trị:

Mutation A – VAF 30%

Mutation B – VAF 5%

Sau điều trị:

Mutation A – VAF 5%

Mutation B – VAF 20%

Có thể nghĩ đến khả năng clone mang mutation A giảm trong khi clone mang mutation B trở nên chiếm ưu thế.

Tuy nhiên, đây chỉ là một cách diễn giải có thể xảy ra.

Để kết luận bệnh đáp ứng hay tiến triển, vẫn cần kết hợp với:

Hình ảnh học.

Triệu chứng lâm sàng.

Khám bệnh.

Các xét nghiệm liên quan.

VAF không nên được sử dụng đơn độc để thay thế đánh giá đáp ứng điều trị.

33. Vì sao cùng một bệnh nhân nhưng các lần xét nghiệm có thể phát hiện mutation khác nhau?

Có nhiều nguyên nhân.

Thứ nhất, khối u có thể thay đổi theo thời gian.

Thứ hai, các clone khác nhau có thể chiếm ưu thế ở những thời điểm khác nhau.

Thứ ba, mẫu bệnh phẩm lấy ở các vị trí khác nhau có thể chứa các quần thể tế bào khác nhau.

Thứ tư, mô và máu có độ nhạy khác nhau đối với từng alteration.

Thứ năm, các xét nghiệm khác nhau có thể sử dụng những panel gene, nền tảng và giới hạn phát hiện khác nhau.

Do đó, không phát hiện lại một mutation ở lần xét nghiệm sau không nhất thiết có nghĩa mutation đã biến mất hoàn toàn khỏi cơ thể.

34. Có nên làm NGS nhiều lần chỉ vì lần đầu có nhiều đột biến?

Không nhất thiết.

Việc lặp lại xét nghiệm gen cần có lý do lâm sàng.

Một số tình huống có thể cân nhắc xét nghiệm lại gồm:

Bệnh tiến triển sau điều trị đích.

Nghi ngờ xuất hiện cơ chế kháng thuốc.

Cần tìm thêm alteration có thể ảnh hưởng đến lựa chọn điều trị.

Mẫu xét nghiệm trước đó không đủ chất lượng.

Có phương pháp xét nghiệm mới phù hợp hơn với tình trạng hiện tại.

Không nên lặp lại NGS chỉ vì lo lắng rằng “nhiều đột biến sẽ biến đổi thêm”.

35. Điều quan trọng nhất khi thấy nhiều đột biến là gì?

Có thể nhớ theo một chuỗi đơn giản:

Nhiều mutation → chưa có nghĩa bệnh nặng.

Nhiều mutation → chưa có nghĩa nhiều driver.

Nhiều mutation → chưa có nghĩa nhiều thuốc đích.

VAF khác nhau → chưa chứng minh các clone khác nhau.

VAF cao → chưa có nghĩa mutation quan trọng hơn.

VAF thấp → chưa có nghĩa mutation không quan trọng.

Điều cần xác định là:

Gene nào?

Alteration nào?

Driver hay passenger?

Có ý nghĩa điều trị hay không?

Có liên quan đến kháng thuốc hay không?

Có phải germline hay somatic?

Có cần xác nhận thêm hay không?

Kết luận

Đột biến đồng thời nhiều gene là tình trạng có thể gặp thường xuyên trong ung thư và không nên được hiểu đơn giản là “càng nhiều đột biến thì bệnh càng nặng”. Một khối u có thể tích lũy nhiều alteration trong quá trình phát triển và có thể chứa nhiều clone hoặc subclone khác nhau.

Trong số các alteration được phát hiện, có thể chỉ có một hoặc một vài alteration thực sự đóng vai trò driver và có ý nghĩa điều trị. Những alteration khác có thể là passenger mutation, alteration liên quan đến sinh học của khối u, alteration liên quan đến kháng thuốc hoặc biến thể chưa rõ ý nghĩa lâm sàng.

Khi một báo cáo NGS đồng thời phát hiện nhiều gene, bác sĩ cần đánh giá loại alteration, ý nghĩa sinh học, VAF, tumor purity, copy number, cấu trúc clone và bằng chứng lâm sàng. Không nên chỉ nhìn vào số lượng mutation hoặc so sánh VAF để kết luận bệnh nặng hay nhẹ.

Một điểm đặc biệt quan trọng là hai mutation cùng xuất hiện trong một báo cáo không có nghĩa chúng nằm trong cùng một tế bào. Chúng có thể cùng tồn tại trong một clone hoặc thuộc những clone khác nhau. Đây là một trong những lý do ung thư được xem là một bệnh có tính không đồng nhất và có khả năng tiến hóa theo thời gian.

Trong ung thư phổi, nếu kết quả đồng thời phát hiện các alteration như EGFR, KRAS, TP53, PIK3CA hoặc những gene khác, không nên vội kết luận rằng bệnh nhân có nhiều “đích điều trị”. Cần xác định alteration cụ thể nào là driver, alteration nào có ý nghĩa điều trị và liệu các kết quả có phù hợp với nhau về mặt sinh học hay không.

Bác cũng cần nhớ rằng mutation soma trong khối u không đồng nghĩa mutation di truyền. Phần lớn alteration được phát hiện trên mẫu u là những thay đổi phát sinh trong tế bào ung thư và không nhất thiết được truyền cho thế hệ sau. Nếu có nghi ngờ biến thể germline, cần xét nghiệm trên mẫu tế bào bình thường để xác định.

Cuối cùng, khi đọc một báo cáo NGS có nhiều đột biến, câu hỏi quan trọng nhất không phải là:

“Tôi có bao nhiêu đột biến?”

mà là:

“Trong số những đột biến này, đột biến nào thực sự có ý nghĩa đối với bệnh của tôi và có thay đổi được cách điều trị hay không?”

Đó mới là cách tiếp cận đúng khi giải mã một kết quả xét nghiệm gen trong ung thư.

Mời bác đọc bài tiếp theo: Hiểu về xét nghiệm gen – Phát hiện đột biến có phải luôn có thuốc điều trị không?

Tài liệu tham khảo

Li MM, Datto M, Duncavage EJ, et al. Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. The Journal of Molecular Diagnostics. 2017.
Jennings LJ, Arcila ME, Corless C, et al. Guidelines for Validation of Next-Generation Sequencing-Based Oncology Panels: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists. The Journal of Molecular Diagnostics. 2017.
Mosele F, Remon J, Mateo J, et al. Recommendations for the Use of Next-Generation Sequencing for Patients with Metastatic Cancers: A Report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Annals of Oncology. 2020.
Merker JD, Oxnard GR, Compton C, et al. Circulating Tumor DNA Analysis in Patients with Cancer: American Society of Clinical Oncology and College of American Pathologists Joint Review. Journal of Clinical Oncology. 2018.
Gerlinger M, Rowan AJ, Horswell S, et al. Intratumor Heterogeneity and Branched Evolution Revealed by Multiregion Sequencing. New England Journal of Medicine. 2012.
McGranahan N, Swanton C. Clonal Heterogeneity and Tumor Evolution: Past, Present, and the Future. Cell. 2017.
Lindeman NI, Cagle PT, Aisner DL, et al. Updated Molecular Testing Guideline for the Selection of Lung Cancer Patients for Treatment with Targeted Tyrosine Kinase Inhibitors. Archives of Pathology & Laboratory Medicine. 2018.
Rolfo C, Mack PC, Scagliotti GV, et al. Liquid Biopsy for Advanced Non-Small Cell Lung Cancer: A Statement Paper from the International Association for the Study of Lung Cancer. Journal of Thoracic Oncology. 2018.