Hiểu về xét nghiệm gen – VAF là gì?
Khi đọc kết quả xét nghiệm gen bằng NGS, bác có thể gặp một con số đi kèm với từng đột biến, chẳng hạn VAF 12%, VAF 38% hoặc VAF 52%. Đây là một trong những chỉ số dễ gây hiểu nhầm nhất, vì nhiều người có thể nghĩ rằng VAF chính là “tỷ lệ tế bào ung thư có đột biến”. Thực tế, cách hiểu này không hoàn toàn đúng.
VAF là viết tắt của Variant Allele Frequency, có thể hiểu là tần suất alen biến thể. Đây là tỷ lệ số lượng trình tự DNA mang một biến thể cụ thể so với tổng số trình tự DNA tại vị trí đó được xét nghiệm và đọc được.
VAF giúp bác sĩ và phòng xét nghiệm đánh giá mức độ hiện diện tương đối của một biến thể trong mẫu bệnh phẩm. Tuy nhiên, VAF chịu ảnh hưởng của nhiều yếu tố như tỷ lệ tế bào ung thư trong mẫu, số lượng bản sao của gene, tình trạng mất hoặc tăng đoạn nhiễm sắc thể, kiểu di truyền của biến thể và chất lượng mẫu. Vì vậy, không nên nhìn VAF như một con số độc lập để kết luận mức độ nặng của ung thư hoặc tỷ lệ tế bào ung thư mang đột biến.
1. VAF là gì?
Variant Allele Frequency là tỷ lệ giữa số lượt đọc DNA chứa biến thể và tổng số lượt đọc DNA tại vị trí đó.
Ví dụ, tại một vị trí trên gene, xét nghiệm NGS đọc được 1.000 trình tự DNA. Trong số đó có 250 trình tự chứa một biến thể.
VAF khi đó là:
250 / 1.000 = 25%
Có thể hiểu đơn giản rằng trong số các bản sao DNA được đọc tại vị trí này, khoảng 25% mang biến thể được phát hiện.
VAF thường được biểu diễn dưới dạng phần trăm.
Ví dụ:
VAF = 5%
VAF = 18%
VAF = 42%
VAF = 50%
Đây là một đặc điểm của biến thể được phát hiện trong mẫu xét nghiệm, chứ không phải trực tiếp là tỷ lệ phần trăm tế bào ung thư.
2. Có thể hiểu VAF là “bao nhiêu phần trăm tế bào ung thư có đột biến” không?
Không nên hiểu như vậy một cách trực tiếp.
Đây là sai lầm rất thường gặp.
Ví dụ, một báo cáo ghi:
EGFR L858R – VAF 30%
không có nghĩa chắc chắn rằng:
30% tế bào ung thư có đột biến EGFR L858R.
VAF phản ánh tỷ lệ alen biến thể trong số các trình tự DNA được đọc tại vị trí đó.
Muốn suy ra tỷ lệ tế bào mang biến thể cần biết thêm nhiều thông tin, chẳng hạn:
Tumor purity, tức tỷ lệ tế bào ung thư trong mẫu.
Copy number của gene.
Tình trạng mất alen hoặc mất đoạn.
Tình trạng khuếch đại gene.
Biến thể là dị hợp tử hay đồng hợp tử.
Có mất dị hợp tử hay không.
Vì vậy, cùng một VAF nhưng tỷ lệ tế bào mang biến thể thực sự có thể khác nhau.
3. Vì sao VAF thường được nhắc đến trong xét nghiệm NGS?
NGS đọc một lượng lớn các đoạn DNA tại từng vị trí.
Ví dụ, một vị trí có tổng cộng 10.000 lượt đọc.
Nếu:
9.000 lượt đọc là allele bình thường
và:
1.000 lượt đọc mang biến thể
thì VAF là:
1.000 / 10.000 = 10%
Thông tin này giúp hệ thống phân tích đánh giá mức độ hiện diện của biến thể trong mẫu.
VAF đặc biệt hữu ích khi so sánh các biến thể khác nhau trong cùng một mẫu và khi theo dõi sự thay đổi của một clone tế bào qua các thời điểm khác nhau.
4. VAF 50% có ý nghĩa gì?
VAF khoảng 50% có thể khiến người đọc nghĩ ngay rằng “một nửa tế bào bị đột biến”.
Nhưng điều đó không chính xác.
Trong một mẫu DNA lưỡng bội, nếu một biến thể soma tồn tại ở trạng thái dị hợp tử trong tất cả tế bào của một quần thể đồng nhất, về lý thuyết VAF có thể xấp xỉ 50%.
Tuy nhiên, trong mẫu ung thư, tình hình phức tạp hơn rất nhiều.
Ví dụ, nếu mẫu chỉ chứa 50% tế bào ung thư và biến thể chỉ có ở một allele của tế bào ung thư, VAF lý thuyết có thể chỉ khoảng 25%.
Ngược lại, nếu gene bị mất một allele bình thường và biến thể nằm trên allele còn lại, VAF có thể cao hơn đáng kể.
Do đó:
VAF 50% không đồng nghĩa 50% tế bào ung thư mang đột biến.
5. Tumor purity ảnh hưởng đến VAF như thế nào?
Tumor purity là tỷ lệ tế bào ung thư trong mẫu bệnh phẩm.
Đây là một yếu tố rất quan trọng khi diễn giải VAF.
Giả sử một mẫu có:
50% tế bào ung thư
và:
50% tế bào bình thường.
Nếu một mutation là biến thể soma dị hợp tử và có mặt trong tất cả tế bào ung thư, trong điều kiện đơn giản và không có bất thường copy number, VAF lý thuyết sẽ chỉ khoảng:
25%
Bởi vì chỉ một nửa số tế bào mang mutation và trong mỗi tế bào ung thư chỉ một trong hai allele mang biến thể.
Nếu mẫu có 80% tế bào ung thư, VAF lý thuyết trong cùng điều kiện có thể khoảng:
40%
Điều này cho thấy cùng một mutation xuất hiện trong toàn bộ quần thể tế bào ung thư nhưng VAF có thể khác nhau tùy vào độ tinh khiết của mẫu.
6. VAF thấp có phải là đột biến không quan trọng không?
Không.
Một mutation có VAF thấp vẫn có thể là driver alteration rất quan trọng.
Ví dụ, một mutation có:
VAF = 5%
không có nghĩa mutation đó không có ý nghĩa điều trị.
Có thể mẫu bệnh phẩm chứa ít tế bào ung thư, hoặc mutation chỉ xuất hiện trong một clone nhỏ của khối u.
Ngược lại, một mutation có VAF cao cũng không nhất thiết là driver.
Vì vậy, ý nghĩa của mutation phải được xác định dựa trên bản thân alteration và bối cảnh bệnh học, không dựa riêng vào VAF.
7. VAF thấp có thể do mẫu có ít tế bào ung thư không?
Có.
Đây là một trong những nguyên nhân quan trọng.
Ví dụ, khối u thực tế chứa một mutation trong phần lớn tế bào ung thư, nhưng mẫu sinh thiết lấy được rất ít tế bào ung thư và phần lớn là tế bào bình thường.
Khi DNA được chiết xuất từ toàn bộ mẫu, DNA bình thường sẽ làm “pha loãng” DNA mang mutation.
Kết quả là VAF giảm.
Vì vậy, khi thấy VAF thấp, cần xem xét:
Tỷ lệ tế bào ung thư của mẫu.
Chất lượng bệnh phẩm.
Độ sâu đọc của NGS.
Vị trí và loại mutation.
Copy number của gene.
8. VAF cao có phải khối u nặng hơn không?
Không.
Không thể dùng VAF đơn độc để đánh giá:
Ung thư nặng hay nhẹ.
Khối u lớn hay nhỏ.
Giai đoạn bệnh.
Tiên lượng sống còn.
Mức độ đáp ứng điều trị.
Một mutation có VAF 40% không mặc nhiên nguy hiểm hơn mutation có VAF 5%.
VAF chủ yếu là một thông số mô tả mức độ hiện diện của biến thể trong mẫu DNA được xét nghiệm.
Để đánh giá mức độ bệnh, bác sĩ phải dựa vào nhiều yếu tố khác như giai đoạn TNM, mô bệnh học, hình ảnh học, tình trạng toàn thân và diễn biến bệnh.
9. VAF có liên quan đến clone của ung thư không?
Có.
Khái niệm VAF đặc biệt hữu ích khi nghiên cứu clonal architecture, tức cấu trúc các quần thể tế bào khác nhau trong một khối u.
Một khối u không nhất thiết chỉ gồm một quần thể tế bào giống hệt nhau.
Trong quá trình tiến hóa, một tế bào ung thư ban đầu có thể tích lũy thêm các alteration và tạo thành những subclone khác nhau.
Ví dụ, có thể hình dung:
Clone A mang mutation 1.
Sau đó một nhóm tế bào của clone A phát sinh thêm mutation 2 và trở thành:
Subclone B.
Nếu mutation 1 có mặt ở phần lớn tế bào ung thư còn mutation 2 chỉ có ở một nhóm nhỏ, VAF của mutation 1 có thể cao hơn mutation 2.
Vì vậy, VAF đôi khi cung cấp manh mối về cấu trúc clone của khối u.
Tuy nhiên, để xác định chính xác clonality cần phân tích phức tạp hơn và không thể dựa riêng vào VAF.
10. VAF có thể thay đổi theo thời gian không?
Có.
Trong quá trình ung thư tiến triển hoặc được điều trị, tỷ lệ các clone khác nhau có thể thay đổi.
Một clone nhạy với thuốc có thể giảm mạnh sau điều trị.
Một clone kháng thuốc có thể sống sót và tăng tỷ lệ tương đối.
Khi đó, VAF của các mutation tương ứng có thể thay đổi.
Ví dụ:
Trước điều trị:
Mutation A – VAF 30%
Sau điều trị:
Mutation A – VAF 5%
Điều này có thể phù hợp với việc clone mang mutation A giảm đi.
Ngược lại, một mutation trước đó có VAF rất thấp có thể tăng lên sau điều trị nếu clone mang mutation đó trở nên chiếm ưu thế.
Tuy nhiên, thay đổi VAF không thể tự động được xem là bằng chứng khối u đáp ứng hoặc tiến triển. Cần kết hợp với hình ảnh học, lâm sàng và các xét nghiệm khác.
11. VAF có thể được dùng để theo dõi đáp ứng điều trị không?
Có thể trong một số bối cảnh, nhưng không nên sử dụng đơn độc.
Trong sinh thiết lỏng, người ta có thể theo dõi lượng ctDNA và VAF của một số mutation theo thời gian.
Nếu VAF của một driver mutation giảm rõ rệt sau điều trị, điều này có thể gợi ý lượng DNA khối u lưu hành giảm.
Ngược lại, VAF tăng trở lại có thể là một dấu hiệu gợi ý bệnh đang tiến triển.
Tuy nhiên, ctDNA và VAF có thể thay đổi vì nhiều lý do.
Vì vậy, việc theo dõi điều trị vẫn cần kết hợp:
Triệu chứng lâm sàng.
Khám bệnh.
Hình ảnh học.
Xét nghiệm sinh hóa hoặc các xét nghiệm liên quan.
và trong những trường hợp phù hợp:
Xét nghiệm phân tử lặp lại.
12. VAF trong mô và VAF trong máu có giống nhau không?
Không nhất thiết.
Đây là một điểm rất quan trọng.
Trong mô u, DNA được phân tích trực tiếp từ mẫu chứa tế bào ung thư và tế bào bình thường.
Trong máu, xét nghiệm sinh thiết lỏng chủ yếu phân tích ctDNA, tức những đoạn DNA có nguồn gốc từ tế bào u đang lưu hành trong máu.
Lượng ctDNA có thể rất khác nhau giữa các bệnh nhân và thậm chí thay đổi theo thời gian.
Do đó, VAF của cùng một mutation có thể:
Cao hơn trong mô.
Thấp hơn trong máu.
hoặc:
Không phát hiện được trong máu.
Điều này không nhất thiết có nghĩa mutation đã biến mất khỏi khối u.
13. VAF có liên quan đến ctDNA không?
Có, nhưng hai khái niệm không giống nhau.
ctDNA là DNA có nguồn gốc từ tế bào ung thư và hiện diện trong máu.
VAF là tỷ lệ allele mang một biến thể cụ thể trong số các allele được đọc tại vị trí đó.
Trong xét nghiệm sinh thiết lỏng, VAF của mutation có thể được sử dụng để mô tả mức độ hiện diện của mutation trong quần thể DNA được phân tích.
Nhưng VAF không phải là tổng lượng ctDNA.
Một mẫu có thể có ctDNA rất thấp nhưng một mutation cụ thể chiếm tỷ lệ tương đối cao trong phần ctDNA đó.
14. VAF có giống “tumor fraction” không?
Không hoàn toàn.
Tumor fraction là ước tính tỷ lệ DNA trong mẫu có nguồn gốc từ tế bào u.
VAF lại mô tả tỷ lệ allele mang một biến thể cụ thể.
Hai khái niệm có liên quan nhưng không thể thay thế cho nhau.
Ví dụ, một mẫu có tumor fraction thấp có thể khiến VAF của các mutation soma giảm.
Nhưng tumor fraction và VAF vẫn là hai thông số khác nhau.
15. Vì sao VAF của các mutation trong cùng một mẫu có thể khác nhau?
Điều này có thể xảy ra vì mỗi mutation có thể nằm trong một quần thể tế bào khác nhau hoặc chịu ảnh hưởng bởi các thay đổi copy number khác nhau.
Ví dụ một báo cáo có thể ghi:
TP53 mutation – VAF 42%
EGFR mutation – VAF 28%
PIK3CA mutation – VAF 8%
Không thể chỉ dựa vào các con số này để kết luận mutation nào “mạnh hơn”.
VAF thấp hơn có thể phản ánh:
Mutation chỉ có ở một subclone.
Mẫu có tumor purity thấp.
Gene có thay đổi copy number.
Có mất allele bình thường.
Hoặc các yếu tố kỹ thuật khác.
16. VAF của EGFR có ý nghĩa gì trong ung thư phổi?
Trong ung thư phổi, bác có thể gặp:
EGFR L858R – VAF 32%
hoặc:
EGFR exon 19 deletion – VAF 18%.
VAF cho biết biến thể EGFR được phát hiện với tần suất allele như thế nào trong mẫu xét nghiệm.
Điều quan trọng hơn vẫn là:
Mutation cụ thể là gì?
Ví dụ:
EGFR exon 19 deletion
và:
EGFR L858R
là những driver mutation có ý nghĩa điều trị rõ ràng trong ung thư phổi không tế bào nhỏ.
VAF không quyết định việc có dùng thuốc ức chế EGFR hay không.
Nếu mutation phù hợp với chỉ định điều trị, việc lựa chọn thuốc dựa chủ yếu vào loại alteration, loại ung thư, giai đoạn bệnh, đặc điểm người bệnh và bằng chứng lâm sàng, chứ không phải dựa vào việc VAF là 10% hay 40%.
17. VAF của KRAS có ý nghĩa gì?
Tương tự EGFR, nếu báo cáo ghi:
KRAS G12C – VAF 15%
thì 15% là tần suất allele biến thể trong mẫu.
Điều này không có nghĩa:
15% tế bào ung thư có KRAS G12C.
Để đánh giá ý nghĩa điều trị, cần xác định chính xác:
KRAS G12C có được phát hiện hay không.
Sau đó xem xét:
Loại ung thư.
Giai đoạn bệnh.
Các alteration đồng thời.
Các phương pháp điều trị đã sử dụng.
và:
Thuốc nhắm KRAS G12C có phù hợp trong bối cảnh đó hay không.
18. VAF của một mutation có thể lớn hơn 50% không?
Có.
Đây là một điểm mà nhiều người đọc báo cáo NGS thường thắc mắc.
VAF không nhất thiết phải nằm trong khoảng 0–50%.
Trong một số trường hợp, VAF có thể lớn hơn 50%, thậm chí cao hơn nhiều.
Điều này có thể xảy ra khi:
Gene bị mất một allele bình thường.
Mutation nằm trên allele được khuếch đại.
Có thay đổi số lượng bản sao của gene.
Có mất dị hợp tử.
Biến thể tồn tại ở trạng thái đặc biệt trong quần thể tế bào.
Vì vậy, VAF 60% hoặc 70% không nhất thiết là lỗi của phòng xét nghiệm.
Tuy nhiên, VAF cao như vậy cần được diễn giải cùng với thông tin copy number và các dữ liệu phân tử khác.
19. VAF có thể rất thấp, chẳng hạn 1% hay 2%, không?
Có.
Các công nghệ NGS hiện đại có thể phát hiện một số biến thể ở mức VAF rất thấp, tùy thuộc vào nền tảng, độ sâu đọc, thuật toán và giới hạn phát hiện của xét nghiệm.
Tuy nhiên, VAF càng thấp thì việc xác nhận biến thể càng quan trọng.
Một biến thể VAF rất thấp có thể là:
Một mutation thực sự chỉ có ở một subclone nhỏ.
Một alteration đang ở ngưỡng phát hiện.
Một tín hiệu kỹ thuật.
Hoặc trong một số trường hợp là biến thể có nguồn gốc từ tế bào bình thường.
Do đó, không nên tự diễn giải một mutation VAF 1% giống hệt một mutation VAF 30%.
Cần xem quality metrics, độ sâu đọc, tiêu chuẩn lọc biến thể và cách phòng xét nghiệm xác nhận kết quả.
20. VAF có thể giúp phát hiện mutation germline không?
Có thể gợi ý, nhưng không thể chẩn đoán germline chỉ dựa vào VAF.
Trong mẫu xét nghiệm có nguồn gốc từ tế bào bình thường, một biến thể germline dị hợp tử thường có VAF gần khoảng 50%.
Nếu một biến thể được phát hiện với VAF xấp xỉ 50% trong nhiều loại mẫu, bác sĩ có thể nghĩ đến khả năng biến thể germline.
Tuy nhiên, một biến thể soma cũng có thể có VAF khoảng 50%.
Vì vậy:
VAF 50% ≠ chắc chắn germline.
Nếu có nghi ngờ biến thể di truyền, cần xét nghiệm germline phù hợp trên mẫu DNA từ tế bào bình thường, thường là máu ngoại vi hoặc mẫu phù hợp khác, và trong những trường hợp cần thiết có thể kết hợp tư vấn di truyền.
21. VAF có ý nghĩa gì trong ung thư di truyền?
Trong ung thư di truyền, người bệnh có thể mang một pathogenic germline variant tồn tại trong hầu hết tế bào của cơ thể.
Một biến thể germline dị hợp tử có thể có VAF gần 50% khi phân tích DNA từ tế bào bình thường.
Ví dụ, một biến thể bệnh lý trong gene BRCA1 hoặc BRCA2 có thể được phát hiện với VAF xấp xỉ 50% trong mẫu germline.
Nhưng VAF chỉ là một dấu hiệu hỗ trợ.
Để xác định biến thể là germline hay soma, cần dựa vào:
Loại mẫu.
Tiền sử cá nhân.
Tiền sử gia đình.
Kiểu biến thể.
Kết quả xét nghiệm germline.
Không nên kết luận bệnh ung thư có tính di truyền chỉ vì một mutation có VAF khoảng 50%.
22. VAF có giúp phân biệt driver mutation và passenger mutation không?
Không trực tiếp.
Driver mutation là alteration góp phần thúc đẩy sự phát triển của ung thư.
Passenger mutation là alteration xuất hiện trong quá trình tiến hóa của tế bào ung thư nhưng không đóng vai trò chính trong việc thúc đẩy khối u.
Một driver mutation có thể có VAF thấp.
Một passenger mutation có thể có VAF cao.
Do đó, VAF không phải tiêu chí để xác định một mutation là driver hay passenger.
Việc phân loại phải dựa vào:
Loại gene.
Vị trí mutation.
Cơ chế sinh học.
Dữ liệu chức năng.
Dữ liệu tiền lâm sàng.
Dữ liệu lâm sàng.
và các cơ sở dữ liệu phân loại biến thể.
23. VAF có quyết định thuốc điều trị không?
Thông thường, không.
Ví dụ:
EGFR L858R – VAF 8%
vẫn có thể có ý nghĩa điều trị nếu alteration được xác nhận và phù hợp với bệnh cảnh.
Ngược lại:
Một mutation VAF 60%
không tự động có nghĩa phải điều trị bằng thuốc đích.
Thuốc được lựa chọn dựa trên alteration có ý nghĩa lâm sàng, chứ không phải chỉ dựa vào VAF.
Đây là nguyên tắc rất quan trọng khi đọc báo cáo NGS.
24. VAF có thể giúp phát hiện kháng thuốc không?
Có thể cung cấp thông tin hỗ trợ.
Trong một số trường hợp, khi bệnh nhân tiến triển sau điều trị, NGS có thể phát hiện một alteration mới.
Nếu alteration mới có VAF tăng dần theo thời gian và phù hợp với cơ chế kháng thuốc đã biết, nó có thể cung cấp manh mối quan trọng.
Ví dụ, một clone kháng thuốc ban đầu rất nhỏ có thể có VAF thấp.
Sau khi thuốc tạo áp lực chọn lọc, clone này tăng lên.
Khi đó VAF của alteration liên quan có thể tăng.
Tuy nhiên, cần đặc biệt thận trọng vì:
VAF thay đổi không đồng nghĩa chắc chắn clone đó gây kháng thuốc.
Cần kết hợp dữ liệu phân tử với diễn biến lâm sàng và hình ảnh học.
25. VAF trong sinh thiết lỏng thấp có phải là kết quả không đáng tin?
Không nhất thiết.
Sinh thiết lỏng thường có lượng ctDNA thấp hơn rất nhiều so với DNA tổng số trong mô.
Vì vậy, VAF thấp là tình huống thường gặp.
Một mutation có VAF thấp vẫn có thể là mutation thật nếu:
Độ sâu đọc đủ.
Chất lượng trình tự tốt.
Biến thể được phát hiện ở cả hai chiều đọc phù hợp.
Thuật toán xác nhận đáng tin cậy.
Nằm trong giới hạn phát hiện đã được xác nhận của xét nghiệm.
Do đó, không nên đánh giá độ tin cậy chỉ dựa trên VAF.
26. VAF có thể dùng để so sánh hai lần xét nghiệm không?
Có thể, nhưng cần rất thận trọng.
Nếu cùng:
Loại mẫu.
Phương pháp xét nghiệm.
Nền tảng NGS.
Phạm vi xét nghiệm.
và các điều kiện tương đương, thay đổi VAF có thể cung cấp thông tin về sự thay đổi của quần thể clone.
Nhưng nếu lần đầu xét nghiệm trên mô và lần sau xét nghiệm trên máu, việc so sánh trực tiếp VAF có thể gây hiểu nhầm.
Tương tự, hai phòng xét nghiệm sử dụng hai nền tảng khác nhau cũng có thể cho VAF khác nhau.
Vì vậy, VAF nên được sử dụng như một thông số hỗ trợ, không phải một chỉ số tuyệt đối để theo dõi bệnh.
27. Khi đọc báo cáo NGS, nên nhìn VAF như thế nào?
Bác có thể đọc theo thứ tự:
Bước 1: Xác định gene.
Ví dụ:
EGFR.
Bước 2: Xác định alteration.
Ví dụ:
L858R.
Bước 3: Xem VAF.
Ví dụ:
VAF 32%.
Bước 4: Xem tumor purity hoặc tumor fraction nếu có.
Bước 5: Xem copy number hoặc các bất thường cấu trúc liên quan.
Bước 6: Xem phân loại ý nghĩa của biến thể.
Ví dụ:
Pathogenic.
Likely pathogenic.
Oncogenic.
VUS.
Bước 7: Xem ý nghĩa điều trị.
Đây mới là phần quyết định mutation có thể ảnh hưởng như thế nào đến lựa chọn điều trị.
28. VAF và VUS có liên quan không?
Không trực tiếp.
VUS là viết tắt của Variant of Uncertain Significance, tức biến thể chưa xác định được rõ ý nghĩa lâm sàng.
Một VUS có thể có:
VAF 5%.
VAF 30%.
hoặc:
VAF 50%.
VAF chỉ cho biết tần suất allele của biến thể trong mẫu.
VUS lại nói về ý nghĩa sinh học và lâm sàng của biến thể.
Do đó:
VAF cao không biến VUS thành mutation có ý nghĩa điều trị.
Và:
VAF thấp cũng không biến một driver mutation thành VUS.
29. VAF có ý nghĩa gì khi xét nghiệm nhiều gene cùng lúc?
Trong một panel NGS diện rộng, có thể phát hiện hàng chục hoặc hàng trăm alteration.
VAF giúp cung cấp thêm một thông số để mô tả từng biến thể.
Ví dụ:
| Gene | Alteration | VAF |
|---|---|---|
| EGFR | L858R | 32% |
| TP53 | mutation | 41% |
| RB1 | mutation | 18% |
| PIK3CA | mutation | 6% |
Tuy nhiên, bảng này không có nghĩa TP53 quan trọng hơn EGFR chỉ vì VAF cao hơn.
Trong ung thư phổi, EGFR L858R có thể là driver mutation có ý nghĩa điều trị trực tiếp, trong khi một TP53 mutation với VAF cao hơn có thể không có thuốc đích tương ứng.
Vì vậy, khi đọc NGS cần ưu tiên:
Ý nghĩa của alteration
hơn là:
Con số VAF.
30. VAF có thay đổi nếu lấy mẫu ở vị trí khác của cùng một khối u không?
Có thể.
Ung thư có thể có tính không đồng nhất trong không gian, nghĩa là các vùng khác nhau của khối u có thể chứa các quần thể tế bào khác nhau.
Một mutation có thể chiếm tỷ lệ cao ở vùng này nhưng thấp hơn ở vùng khác.
Do đó, hai mẫu sinh thiết từ hai vị trí khác nhau có thể cho:
Mutation giống nhau nhưng VAF khác nhau.
Hoặc:
Một mutation được phát hiện ở mẫu này nhưng không phát hiện ở mẫu khác.
Điều này không nhất thiết có nghĩa một trong hai xét nghiệm sai.
31. VAF có liên quan đến heterogeneity của ung thư không?
Có.
Tumor heterogeneity là tình trạng khối u chứa nhiều quần thể tế bào có đặc điểm phân tử khác nhau.
VAF có thể cung cấp manh mối về sự tồn tại của những quần thể này.
Ví dụ, một mutation có VAF cao có thể phù hợp với một alteration xuất hiện trong clone lớn.
Một mutation có VAF rất thấp có thể phù hợp với một subclone nhỏ.
Tuy nhiên, đây chỉ là cách diễn giải sơ bộ.
Để phân tích clonality chính xác cần kết hợp:
VAF.
Tumor purity.
Copy number.
Allelic imbalance.
Các mutation khác.
và trong một số nghiên cứu chuyên sâu có thể cần các phương pháp giải trình tự hoặc phân tích đơn tế bào.
32. Bác cần nhớ gì về VAF?
Nếu chỉ cần nhớ một điều:
VAF là tần suất của allele mang biến thể trong tổng số allele được đọc tại vị trí đó.
VAF không đồng nghĩa với tỷ lệ tế bào ung thư mang mutation.
VAF chịu ảnh hưởng bởi nhiều yếu tố, trong đó quan trọng nhất là:
Tỷ lệ tế bào ung thư trong mẫu.
Copy number của gene.
Mất hoặc tăng đoạn DNA.
Cấu trúc clone của khối u.
Kiểu di truyền của biến thể.
Chất lượng và độ sâu của xét nghiệm.
Vì vậy, không nên kết luận rằng:
VAF cao = ung thư nặng hơn.
Cũng không nên kết luận:
VAF thấp = mutation không quan trọng.
Và đặc biệt không nên kết luận:
VAF 50% = 50% tế bào ung thư có mutation.
Trong thực hành, VAF nên được đọc cùng với gene, loại alteration, tumor purity, copy number và phân loại ý nghĩa lâm sàng của biến thể.
Đối với ung thư phổi, nếu báo cáo ghi:
EGFR L858R – VAF 20%
điều quan trọng nhất vẫn là xác định đây có phải driver mutation phù hợp hay không, chứ không phải cố gắng suy ra rằng chính xác 20% tế bào ung thư mang mutation.
Kết luận
VAF, viết tắt của Variant Allele Frequency, là tần suất allele biến thể trong mẫu DNA được xét nghiệm. Đây là một thông số thường gặp trong báo cáo NGS và sinh thiết lỏng, giúp mô tả mức độ hiện diện tương đối của một biến thể cụ thể trong số các trình tự DNA được đọc tại vị trí đó.
VAF rất hữu ích nhưng cũng rất dễ bị diễn giải sai. VAF 30% không có nghĩa 30% tế bào ung thư mang mutation, cũng như VAF 50% không có nghĩa một nửa tế bào ung thư bị đột biến. Muốn ước tính tỷ lệ tế bào mang biến thể cần xem xét thêm tumor purity, copy number, mất hoặc tăng đoạn DNA, tình trạng allelic imbalance và cấu trúc clone của khối u.
Trong một mẫu ung thư đơn giản, một mutation soma dị hợp tử xuất hiện trong toàn bộ tế bào ung thư có thể có VAF thấp hơn 50% nếu mẫu bị pha loãng bởi tế bào bình thường. Ngược lại, VAF có thể vượt quá 50% khi có những bất thường như mất allele bình thường hoặc khuếch đại allele mang mutation.
VAF thấp cũng không đồng nghĩa mutation không quan trọng. Một driver mutation có VAF thấp vẫn có thể có ý nghĩa điều trị rất lớn. Ngược lại, một mutation có VAF cao không nhất thiết là driver và không tự động trở thành mục tiêu điều trị.
VAF còn có thể thay đổi theo thời gian do sự thay đổi tỷ lệ các clone trong khối u. Trong một số trường hợp, việc theo dõi VAF của mutation trong ctDNA có thể cung cấp manh mối về sự thay đổi của khối lượng hoặc quần thể tế bào u. Tuy nhiên, VAF không nên được sử dụng đơn độc để kết luận bệnh đáp ứng hay tiến triển mà cần kết hợp với lâm sàng và hình ảnh học.
Khi đọc một báo cáo NGS, bác nên ưu tiên theo thứ tự:
Gene nào?
Alteration nào?
Alteration có ý nghĩa gì?
Có phải driver hay không?
Có thuốc điều trị tương ứng hay không?
Sau đó mới xem:
VAF là bao nhiêu?
Có thể ghi nhớ ngắn gọn:
VAF = tần suất allele biến thể.
VAF không phải là tỷ lệ tế bào ung thư.
VAF không cho biết trực tiếp ung thư nặng hay nhẹ.
VAF không quyết định một mutation có phải driver hay không.
VAF không tự quyết định thuốc điều trị.
Và khi gặp một kết quả như:
EGFR L858R – VAF 25%
cách hiểu đúng không phải là:
“25% tế bào ung thư có đột biến EGFR.”
Mà là:
“Trong các allele DNA được đọc tại vị trí EGFR L858R trong mẫu xét nghiệm, khoảng 25% mang biến thể này; cần kết hợp tumor purity, copy number và các thông tin phân tử khác để diễn giải chính xác hơn.”
Mời bác đọc bài tiếp theo: Hiểu về xét nghiệm gen – Đột biến đồng thời nhiều gen có ý nghĩa gì?
Tài liệu tham khảo
National Cancer Institute. NCI Dictionary of Cancer Terms: Variant Allele Frequency. National Cancer Institute. 2026.
Jennings LJ, Arcila ME, Corless C, et al. Guidelines for Validation of Next-Generation Sequencing-Based Oncology Panels: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists. The Journal of Molecular Diagnostics. 2017.
Li MM, Datto M, Duncavage EJ, et al. Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. The Journal of Molecular Diagnostics. 2017.
Merker JD, Oxnard GR, Compton C, et al. Circulating Tumor DNA Analysis in Patients with Cancer: American Society of Clinical Oncology and College of American Pathologists Joint Review. Journal of Clinical Oncology. 2018.
Rolfo C, Mack PC, Scagliotti GV, et al. Liquid Biopsy for Advanced Non-Small Cell Lung Cancer: A Statement Paper from the International Association for the Study of Lung Cancer. Journal of Thoracic Oncology. 2018.
Mosele F, Remon J, Mateo J, et al. Recommendations for the Use of Next-Generation Sequencing for Patients with Metastatic Cancers: A Report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Annals of Oncology. 2020.
Leighl NB, Page RD, Raymond VM, et al. Clinical Utility of Comprehensive Cell-Free DNA Analysis to Identify Genomic Biomarkers in Patients with Newly Diagnosed Metastatic Non-Small Cell Lung Cancer. Clinical Cancer Research. 2019.
Lindeman NI, Cagle PT, Aisner DL, et al. Updated Molecular Testing Guideline for the Selection of Lung Cancer Patients for Treatment with Targeted Tyrosine Kinase Inhibitors. Archives of Pathology & Laboratory Medicine. 2018.